Suku Dinas Pendidikan Kota Administrasi dipimpin oleh seorang Kepala Suku Dinas Pendidikan yang berkedudukan di bawah dan bertanggung jawab kepada Kepala Dinas Pendidikan. Di setiap wilayah Kota Administrasi, dibentuk 2 (dua) Suku Dinas, yaitu Suku Dinas Pendidikan Wilayah I dan Wilayah II untuk masing-masing wilayah, yang terdiri dari Jakarta Pusat, Jakarta Selatan, Jakarta Barat, Jakarta Utara, dan Jakarta Timur.
Suku Dinas Pendidikan Kota Administrasi memiliki tugas melaksanakan pembinaan, pengawasan, dan pengendalian bidang pendidikan di wilayahnya. Fungsi yang dijalankan antara lain pembinaan dan pengawasan kegiatan satuan pendidikan, pengusulan pengangkatan atau pemberhentian pendidik, pengawasan tugas Ketua Satuan Pelaksana Pendidikan Kecamatan, pengoordinasian penegakan peraturan pendidikan, pemantauan penerimaan peserta didik baru, penerbitan surat keterangan dan legalisasi ijazah, serta pelaksanaan lomba, ujian paket, dan pengelolaan prasarana.